Lista na podstawie książki: Zdzisław Pietrzyk, Poczet rektorów Uniwersytetu Jagiellońskiego 1400-2000, Kraków 2000.
W tym okresie 2/3 wsystkich rektorów UJ mamy w genealogii (największe braki są w czasach germanizacji Uniwersytetu w latach 1805-1809 i okresie po 1945 r.).
W tym okresie rektorami byli głównie duchowni pochodzenia mieszczańskiego lub drobnoszlacheckiego. Tylko o małej części z nich znamy jakiekolwiek informacje rodzinne: żon i dzieci nie mieli, czasem znamy imię ojca i braci (również duchownych), ale to za mało by umiejscowić ich w sieci powiązań społecznych. W tym czasie ludzie o wysokim pochodzeniu społecznym (których genealogię znamy) bardzo rzadko wybierali zawód nauczyciela akademickiego, bo miał on niski prestiż społeczny.